ハイランド王国、少年兵部隊の一員として遠征に出たリリュウと親友のジョウイ。明日は幼なじみのナナミが待つ故郷キャロへ帰れるという最後の夜、山中で敵の奇襲に遭う。兵に追い詰められた二人は、再会を約束し、夜の滝へと飛び込んだ。

リリュウが気絶から目を覚ますと、そこは敵である都市同盟軍の傭兵砦の中。捕虜として砦で働きながら、リリュウの中に芽生えるハイランド軍への疑念。自分たちは罠に嵌められたのか？　だとしたら誰が……？

そんなリリュウの元へ姿を現すジョウイ。ジョウイも同じく、敵の領地に流れ着いていたのだ。

すべての答えを知るため、キャロの街へ戻る。そう誓いを立て、砦を脱出するリリュウとジョウイ。その行く手には、さらに大きな陰謀の渦が待ち受けていた……。

傭兵砦に身を寄せたリリュウ、ジョウイ、ナナミ。

そこへ訪ねて来た軍師のアップルは、狂皇子ルカ・ブライトが王国軍を引き連れ、砦へ向けて進軍を開始したと告げる。

ルカに対抗する兵器を用意するため、ビクトールの依頼で神槍のツァイと呼ばれる人物に会いにリューベの村に出向くリリュウたち。が、侵攻を続けるルカはリューベ、さらにピリカの住むトトの村まで次々と焼き払っていく。

トトに駆けつけピリカと再会したジョウイは、焼け野原と化した村を見て立ち尽くす。ルカを止めるため、都市同盟軍とともに戦う。そう決意するリリュウとジョウイ。

ついに砦に到達したルカと王国軍を、新兵器『龍炎槍』で迎え撃つビクトールたち。激しい戦いが始まった───

必死の思いで砦を脱出するリリュウたち。恐怖で言葉を失ったピリカを連れ、ビクトールたちとの再会を約束した都市同盟最大の都市、ミューズを目指す。

途中、トトの村付近の祠の前で野宿する一同。すると、祠の中からリリュウとジョウイを呼ぶ不思議な声と光が。祠の中でリリュウたちを待っていたのは、謎の石板と、門の紋章の継承者レックナートだった。

導かれるまま、出会い、ともに成長してきた記憶を追体験していく二人。その中で生まれる強い思い───「力が欲しい」。

二人の心に応えるように、それぞれの右手に宿される紋章。リリュウには『輝く盾の紋章』が。ジョウイには『黒き刃の紋章』が。それは27の真の紋章の一つ『始まりの紋章』が二つに分かれた姿だった。

ミューズで無事に仲間たちと再会できたリリュウたち。ビクトールの紹介で市長のアナベルと面会し、都市同盟の代表が集う丘上会議を見学することに。

進軍を続ける王国軍への対応を話し合うものの、身勝手な主張をぶつけ合い、まとまりのない代表たち。その姿を見て、ジョウイは都市同盟への不信感を募らせる。

会議の後、ミューズ副市長のジェスに呼び止められるリリュウたち。リリュウとジョウイはジェスから、王国兵に変装しての潜入調査を依頼される。心配するナナミを残し、王国軍のキャンプに出向く二人。

調査の途中、正体がばれ、王国兵に追われるリリュウたち。リリュウを逃がすため、ジョウイはみずから囮となって兵を引き付けるが……。

捕らえられたジョウイは、王国軍がミューズへの夜襲を計画していると知る。それを阻止するため、ルカにある提案をするジョウイ。

ミューズで待つリリュウ、ナナミ、ピリカの元へ、無事に戻ってくるジョウイ。再会を喜ぶリリュウたちだが、ジョウイはどこか浮かない表情を見せる。その様子が気になるリリュウ。

夜になり、ゲンカクについての話を聞くため、市庁舎のアナベルの部屋を訪ねるリリュウとナナミ。だが、ドアを開けた二人が見たのは、信じられない光景だった。

時を同じくして、王国軍のミューズへの奇襲が始まる。絶望的な状況の中、リリュウたちは突破を目指すが───

ミューズから逃げ延びたリリュウたちは、ひとまず廃村となったノースウィンドゥに身を寄せる。王国軍の進攻に備えるため、アップルは有能な軍師の加入を提案。アップルの兄弟子でもあるシュウという人物と会うため、ラダトの街へ向かうことに。

アップルの護衛役として、ラダトのシュウの屋敷へ同行するリリュウとナナミ。が、シュウは軍師への熱意をすっかり失っていた。冷淡な態度で追い返され、途方に暮れるリリュウたち。

凄腕の探偵を自称するリッチモンドから、シュウに関する情報を得るリリュウたち。あきらめたくないアップルは、シュウが軍師就任の条件として提示した無茶な賭けに挑むことにする。